本寺は那智の妙法山（みょうほうざん）の中腹に位置する。ここは奈良時代から法華経修行の僧の道場であった。弘仁（こうにん）6年（815）には空海が修行し、阿弥陀寺を開基したとされている。
　大師堂は宝形造（ほうぎょうづくり）、銅板葺の小規模な三間堂で、堂前面に入母屋造（いりもやづくり）の礼堂（らいどう）を接続する。屋根の宝珠（ほうじゅ）銘から永正6年（1509）に建立され、紀ノ川筋の大工が紀南まで来ていることがわかる。
　紀南地方では数少ない中世建築の一つで、建築年代・大工が確認できる貴重な遺構である。