正智院庭園は、昭和27年に重森三玲の設計によって作庭された庭園で、この庭の特徴は背景に巨大な明神岩を主役に据えてその手前に石組を行った点である。峨々たる明神岩の前に水墨画水画風の石組をし、周辺には苔と白砂で州浜をかたどっている。視覚的には直立した石組、白砂と苔地による雲紋により高野山の雲海に浮かぶ霊峰の景が抽象表現されている。ただし、磐座が余りにも圧倒的なため、重森三玲の庭にしては控えめな石組となっている。本物の磐座と競争するのではなく、また借景としてではなく石組の主役として機能している。
当庭園は、高野山ならではの神仏習合の庭であり、枯山水庭園の原点が水墨画に由来していることを示した稀有な庭である。