童男堂は本坊入口の右手に建ち、粉河寺縁起絵巻（えんぎえまき）にも登場する千手観音（せんじゅかんのん）の化身（けしん）とされる童男大士を祀る。三間（げん）四方の正堂（しょうどう）の前方に五間二間の礼堂（らいどう）を設け、奥行一間の合の間を増築し、宝暦（ほうれき）5年（1755）に現状のような屋根に変更したことが、棟札（むなふだ）によってわかる。当寺の草創にかかわる重要な建物だけに時代の要請によってその都度改良を加えていったものと考えられる。